Ya en su segunda temporada en el primer equipo con muchas proyecciones y tras haber rechazados ofertas de otros clubes, a poco de haber comenzado la temporada Jonathan sufre una grave lesión en la rodilla derecha, lo que le provoca una baja de 6 meses, de esta terrible manera Dos Santos termina el ciclo con apenas 3 partidos jugados. Sin embargo, poco después volvería al filial; aunque tendría una corta aparición con el primer equipo ante el Málaga CF.
