Posteriormente, Jonathan fue seleccionado por Aguirre para formar parte de la lista de treinta jugadores pre-seleccionados para disputar el Mundial de Sudáfrica 2010; sin embargo, el 30 de mayo de 2010 no fue incluido en la lista definitiva de veintitrés futbolistas que disputarían el campeonato con México, camisetas barcelona lo que causó malestar en su entorno. Los jugadores Giovanni Silva y Raúl González protagonizaron dos polémicas celebraciones hacia el público rival tras marcar un gol.
