La temporada 2012-13 es de las más prósperas del club en la Copa del Rey, ya que consiguió eliminar a la Real Balompédica Linense y al Constancia de Inca, y en dieciseisavos de final se enfrentó al Levante UD en el que el partido de ida en el Estadio Municipal Álvarez Claro ganó 1-0 al equipo de Juan Ignacio Martínez y en la vuelta perdió 4-1. La temporada sigue adelante y el Melilla con una plantilla muy corta y la mitad de ella con jugadores de Melilla, que apenas disfrutaron de minutos, se coloca en los puestos altos de la clasificación, camiseta del barça acabando en el noveno puesto.
