Sin embargo a mediados de 2005 volvió al club de sus amores: Universidad de Chile, convirtiéndose en el capitán y líder indiscutido del equipo universitario, con quien llegó a dos finales sin poder ganar el título, en el Torneo de Clausura 2005 contra Universidad Católica, donde caen en definición a penales, y el Torneo de Apertura 2006 contra Colo-Colo, donde nuevamente caen en la definición desde el punto penal. Millonarios fue goleado 5 a 0 por Atlético Nacional el 10 de agosto de 2014, equipacion barça en la que se constituye como la mayor goleada recibida por el equipo azul frente al equipo verde hasta el momento.
